Archive for January 3, 2017

Fryser ned planter og data i 500 år

Plantesykdommer, naturkatastrofer, klimaendringer og krig er bare noen av truslene mot vår fremtidige matsikkerhet. Hvordan vi skal ta vare på friske planter og viktige genressurser for ettertiden blir derfor et stadig hetere tema.

Samtidig letes det iherdig etter sikre, enkle og billige metoder for langtidslagring av digitale data.

Så hvorfor ikke slå to fluer i én smekk og prøve å finne en felles løsning på disse utfordringene?

Dette var utgangspunktet for det norske forskningsprosjektet KryoLang, som er gjennomført med støtte fra Oslofjordfondet.

I tett samarbeid har planteforskere og dataeksperter utviklet en lagringsmetode der friske planteskudd og digitale data kan fryses ned sammen og ligge trygt i århundrer.


Lagring av friske planteskudd skal bidra til vår fremtidige matsikkerhet.(Foto: Dag Ragnar Blystad / De regionale forskningsfondene)

Lagring i nitrogen

I dag oppbevares planter blant samlinger av trær og busker, i frukthager og veksthus.

– Det er både kostbart og arbeidskrevende, og heller ikke så sikkert som man skulle ønske. Det skal ikke mer til enn en flom eller et bombenedslag, så kan plantene være borte for godt, sier Bjørnar Bjelland, daglig leder for Drammensbedriften Grønn Næringskompetanse.


Bjørnar Bjelland, daglig leder i Grønn næringskompetanse. (Foto: Papirbredden Innovasjon)

– Vi ville skape en sikrere og rimeligere løsning som krever lite vedlikehold, så vi utviklet helt nye metoder for lagring av plantemateriale i flytende nitrogen. Tanken er at materialet skal kunne deponeres på et trygt sted likt Svalbard Globale frøhvelv, sier Bjelland.

På Svalbard lagres det i dag frø fra hele verden, men det er slett ikke alle planter som egner seg for frølagring.

Skal vi ta vare på druer, epler, poteter og jordbær, må friskt plantevev lagres med hele genkoden er intakt.

– Vi har utviklet metoder for lagring der vi legger små vekstpunkter fra plantens skudd – altså den friskeste delen av planten – i såkalte kryotanker med flytende nitrogen som holder minus 196 grader. Dette krever svært lite plass og gjør at vi i praksis kan fryse ned materiale fra mange hundre tusen planter i en enkelt tank.

Plantepuslespill

En av mange store utfordringer for forskerne har vært å finne ut hvordan de skal behandle ulike planter før nedfrysing.

Du kan nemlig ikke bruke samme prosedyre på så forskjellige vekster som jams, vindrue og krysantemum.

Før nedfrysing må skuddspissene legges i en dråpe med et spesielt flytende stoff. Hvilken sammensetning denne væsken skal ha, varierer fra plante til plante. Væsken skal hindre at vann som er igjen i plantecellene, sprenger plantevevet når det fryser.

– Metoden vi bruker er nå så gjennomarbeidet at vi vet at den fungerer på så ulike vekster som blomster, knollvekster, frukt og bær. Da er det grunn til å tro at den kan brukes på de fleste planter, sier Bjelland.


Kryopreserverte jordbærplanter som skal bli planter på jord igjen. (Foto: Sagaplant / De norske forskningsfondene)

Trenger bare lys og forstørrelsesglass

Å bevare planter er én ting. Nå har forskere også utviklet metoder som gjør det mulig å lagre digital informasjon om plantene sammen med dem.

Alle som forstår skriftspråk anno 2016 og har tilgang til lys og et forstørrelsesglass, vil kunne lese teksten som er lagret sammen med plantematerialet.

Det betyr at fremtidsmennesket som tar ut en boks med skuddspisser fra en kryotank om 250 år, også har tilgang til all relevant informasjon om hvordan de kan bruke de ulike vekstene.

– Det kan være informasjon om hvordan skuddspissene skal behandles, hvor plantene kommer fra, hvor de dyrkes og hvilke genetiske egenskaper de har, sier Bjelland.

Ekstremt klima

– Klimaendringene gjør at vi må forvente mer ekstreme dyrkingsforhold i fremtiden. Da er det svært nyttig å ha oversikt over hvilke planter som har genetiske egenskaper som gjør at de kan dyrkes i svært tørt eller svært vått klima – og samtidig ha tilgang til friskt plantemateriale som aktuelle gener kan hentes ut fra.

– I dag finnes det ingen felles, internasjonal standard hverken for hvilken informasjon som skal lagres eller hvordan den skal lagres, men vi håper jo at det etter hvert kommer på plass, sier Bjelland.


Alle plantene legges på en foliebit før de plasseres i reagensrøret og fryses. (Foto: Dag Ragnar Blystad/ De regionale forskningsfondene)

Dypfryst film

I jakten på en metode for å fryse data ned sammen med planteskuddene, var det Drammensselskapet Piql som fant løsningen – rett og slett ved å gi nytt liv til en gammel oppfinnelse.

– Litt forenklet kan du si at vi har videreutviklet den svart-hvittfilmen som Kodak tok patent på allerede i 1878. Fotografiet har bevist sin holdbarhet. Vi har laget en polyesterbasert film som tåler både ekstrem kulde og gjentatt frysing og opptining, sier administrerende direktør Rune Bjerkestrand i Piql.


Rune Bjerkestrand, administrerende direktør i Piql. (Foto: Piql)

Selskapet har også utviklet utstyr for å overføre digitale data til filmen og for å lese dataene tilbake igjen etterpå.

Dataspråk består av binære koder – nuller og ettall – og på filmen skrives ettallene som svarte prikker og nullene som hvite.

Denne enkle løsningen gjør at vi ikke trenger å bekymre oss om at fremtidsfolket neppe bruker Windows 10 eller Linux 2.0.

Piqls system kalles migrasjonsfritt – en trenger ikke ta stadig nye kopier for å tilpasse seg nye operativsystemer.

Aldring i hurtigfilm

For at forskerne skal teste holdbarheten til filmen har de kjørt den gjennom såkalte akselererende aldringstester. Der blir filmen på kort tid utsatt for flere hundre års påkjenninger i komprimert form, blant annet endringer i fukt og temperatur.

– Vi har gjennomført tester som viser at filmen er holdbar i 500 år. Selv etter mange hundre års lagring vil de digitale dataene på filmen være lesbare for en som har en lyskilde, et fotoapparat og en computer som dataene kan overføres til, sier Bjerkestrand.

Forsøkene til Piql viser også at filmen tåler gjentatt nedfrysing og opptining så lenge man gjør det under kontrollerte forhold. Men filmen bør ikke klemmes mellom fingrene – og opptining med hårføner er definitivt ingen god idé.

Piql har også utviklet en nanoversjon av filmen der det er plass til enda mer data. Og selskapet har allerede solgt systemet for skriving og tilbakelesing av data til kommersielt bruk.

Fant av-knapp for CRISPR

Den nylig utviklede CRISPR Cas9-teknikken karakteriseres som en revolusjon innen genteknologien.

Teknikken gir oss muligheten til å klippe og lime i genene til mennesker, dyr og andre skapninger. Oppdagelsen innebærer uante muligheter, for eksempel innen medisin.

Men en av utfordringene ved dette nye redskapet, er at det kan være vanskelig å kontrollere.

Kanskje vil vi egentlig bare at det skal virke i en viss del av kroppen. Eller at det bare skal være aktivt i en begrenset tid. Dette kan være viktig for å minimere risikoen for skadelig feil-klipping.

Et annet problem oppstår når CRISPR Cas9-teknologien brukes i såkalte gen-drivere. De får nye gener til å spre seg raskt i en hel bestand av levende skapninger – for eksempel i mygg.

Men hva om du angrer, eller det nye genet begynner å spre seg til områder hvor det ikke burde være?

Oppdaget tre ulike stopp-proteiner

Ett av kriteriene som må være på plass før vi virkelig kan begynne å ta CRISPR i bruk, er at vi har gode måter å stoppe det på.

Og det er altså her den nye oppdagelsen kommer inn.

April Pawluk fra University of Toronto og kollegaene hennes har funnet intet mindre enn tre ulike proteiner som ser ut til å legge en kraftig demper på CRISPR Cas9. Også i kulturer med menneskeceller.

Og antagelig finnes det mange flere slike av-knapper, spår forskerne.

Eldgammelt våpenkappløp

Det var i utgangspunktet mye som pekte mot at jakten på av-knappen var verdt et forsøk. Det skyldes opprinnelsen til CRISPR Cas9.

Teknologien er nemlig slett ikke funnet opp av mennesker. Vi har rappet den fra bakterier.

Redskapet er en viktig del av bakterienes forsvar mot virus. Kort fortalt brukes det til å klippe i stykker DNA eller RNA fra virus som angriper bakterien.

Lær hvordan CRISPR Cas9 fungerer her eller åpne en større versjon

Bakteriene har flere typer av dette systemet, både CRISPR Cas9 og andre varianter. Dermed er de godt utstyrt til å bekjempe både kjente og ukjente virus.

Men dessverre for bakterien lar ikke virusene seg utmanøvrere så lett. Som et ledd i et eldgammelt våpenkappløp mellom virus og bakterier, har virusene utviklet et forsvar mot forsvaret: Proteiner som kan stoppe aktiviteten til CRISPR-systemene.  

Og det var dette som inspirerte Pawluk og co.

Åpner for tettere regulering

Tidligere forskning hadde vist at virus har utviklet proteiner som stoppet andre varianter av CRISPR. Derfor mistenkte Pawluk og kollegaene at det også ville finnes bremsemekanismer for CRISPR Cas9, som er den typen vi mennesker hovedsakelig bruker.

Og det fant de altså. Hele tre stykker. De testet dem også i levende menneskeceller, med godt resultat.

Dette åpner muligheter for en mye tettere regulering av CRISPR Cas9-systemet, kommenterer Ross Cloney, senior editor for Nature Communications, i siste Nature Reviews Genetics.

Referanse:

A. Pawluk, N. Amrani, Y. Zhang, B. Garcia, Y. Hidalgo-Reyes, J. Lee, A. Edraki, M. Shah, E. J. Sontheimer, K. L. Maxwell, A. R. Davidson, Naturally Occurring Off-Switches for CRISPR-Cas9, Cell, desember 2016. Sammendrag. http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(16)31589-6