Windows Server 2003 bruker
NTFS (nytt teknologifilsystem) Filsystem som standard.
Selv om det også kan støtte andre filsystemer som FAT32 og FAT16, brukes disse først og fremst for kompatibilitet med eldre operativsystemer og enheter. For de fleste formål er NTFS det anbefalte og foretrukne filsystemet for Windows Server 2003.