Windows XP støtter følgende filsystemer:
* ntfs (nytt teknologifilsystem) :Det primære filsystemet som brukes av Windows XP, og tilbyr funksjoner som sikkerhet, kryptering, komprimering og journalføring for dataintegritet.
* FAT32 (filallokeringstabell 32) :Et eldre filsystem som var vanlig i Windows 95/98 og tidligere. Det er enklere enn NTFS og tilbyr begrensede funksjoner, men det er mye kompatibelt med eldre operativsystemer og enheter.
* FAT16 (filallokeringstabell 16) :Et eldre filsystem med begrensede funksjoner, hovedsakelig brukt til eldre enheter og disketter.
Mens Windows XP kan lese og skrive til forskjellige andre filsystemer, er disse tre de de kan formatere direkte og bruke for sin egen lagring.