De vanligste hjernen imaging teknikker er magnetic resonance imaging (MRI ) og positronemisjonstomografi ( PET ) . MR er en bedre teknikk for imaging strukturer i hjernen , mens enten teknikken kan brukes til å avbilde hjernefunksjon. Mange forskjellige selskaper selger hjernen bildebehandlingsprogrammer for bruk med MR eller PET eller begge deler. Imaging Software for hjernens struktur

MR gir utmerket bløtvev kontrast. Følgelig forskere og klinikere vanligvis bruker denne avbildningsfunksjonalitet til bilde av strukturen av hjernen. The Mayo Clinic selger en programvarepakke kalt "Analyze" som gjør at forskere og klinikere til å undersøke og analysere hjernen strukturelle data fra en MR .
Imaging Software for hjernens funksjon

MR -og PET avbildning kan anvendes for å undersøke hjernefunksjon. For eksempel kan en forsker eller kliniker presentere en stimulus , for eksempel en infusjon av et medikament eller en videopresentasjon av en film , et emne og avgjøre hvilke deler av faget hjerne aktiveres av at stimulus . The Wellcome Trust for Neuroimaging gir en statistisk parametrisk mapping eller SPM programvarepakke for å analysere funksjonelle PET eller MRI data , uten kostnad. Men kjører denne pakken i en MATLAB miljø , så en kopi av MATLAB må være installert for å kjøre .
Imaging Software for Annen bruk

Noen hjernen bildebehandlingsprogrammer kan brukes til andre formål. For eksempel , kan MRI brukes til å måle spor av hvit substans i hjernen. Disse sporene formidle informasjon mellom ulike deler av hjernen . Forskere og klinikere kan bruke programvaren leveres gratis ved University of Oxford Institutt for klinisk nevrologi kalt FSL å analysere integriteten av disse sporene og deres baner.