Her er to ulemper ved å bruke en datamaskinmus:

1. ergonomiske problemer: Langvarig bruk av en mus kan føre til repeterende belastningsskader (RSI) som karpaltunnelsyndrom, senebetennelse og andre muskel- og skjelettproblemer. Dette er fordi de repeterende bevegelsene til hånden og håndleddet kan sil muskler, sener og nerver.

2. Begrenset presisjon: Mens mus er bra for generell navigasjon og utvalg, kan de være mindre presise enn andre inngangsmetoder, spesielt for oppgaver som krever fin kontroll. For eksempel kan tegning eller redigering av bilder være enklere og mer nøyaktig ved hjelp av en pekepenn eller nettbrett.