Digital bildebehandling i mikroskopi har avansert bemerkelsesverdig de siste årene og er i stand til å matche eller overgå kvaliteten på filmen imaging. Programvaren som brukes til å lagre og behandle bildene er også blitt mer avanserte. Flerdimensjonale Imaging

Avansert pakker kan fange opp, administrere og analysere data og vise flerdimensjonale avbildning av seks dimensjoner : X , Y, Z , Lambda ( bølgelengde ) , T og flertrinns poeng. 3D-bildene kan bli visualisert som programvaren gjengir sekvenser av bilder i ulike dimensjoner.
Dybdeskarphet

Bilder som er tatt på ulike nivåer av fokus kan bli brukt å lage en alt-i -fokus bildet.
Database Management

Modern mikroskop bildebehandlingsprogrammer kan administrere databaser av bilder , støtter bilde-og meta data . Bilder kan sorteres i databaser og tabeller for filtrering, sortering og flere gruppering . Bildedata kan eksporteres til et regneark for videre analyse.
Deconvolution

Fluorescent 3D-bilder kan bli styrket ved å redusere dis og uskarphet i bildet.